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卓尼浮岛能构建稳定的微生态系统，通过水生植物根系的特殊作用营造多样化的微环境，促进各类微生物的繁殖与代谢，形成“植物-微生物-水体”的协同净化体系，显著提升水体的自净能力，实现生态系统的良性循环。水生植物根系是微生态系统构建的核心载体，根系在生长过程中会向周围水体释放氧气，这种泌氧作用使根系周围形成好氧微环境，溶解氧含量可达5-8mg/L，为好氧微生物如硝化细菌、卓尼当地芽孢杆菌等提供了充足的氧气和栖息场所；而在根系内部及远离根系的区域，氧气浓度较低，形成厌氧微环境，适合厌氧微生物如反硝化细菌、卓尼产甲烷菌等生存，这种好氧-厌氧复合微生态环境，为不同代谢类型的微生物提供了适宜的生存条件，使微生物群落结构更加丰富多样。根系表面会形成一层厚厚的生物膜，由细菌、卓尼真菌、卓尼本地藻类、卓尼本地原生动物等多种微生物组成，生物膜的比表面积大，吸附能力强，能有效吸附水体中的有机污染物和营养物质。微生物通过同化和异化作用降解污染物，好氧微生物中的硝化细菌可将水体中的氨氮转化为硝态氮和亚硝态氮（硝化作用），厌氧微生物中的反硝化细菌则将硝态氮和亚硝态氮转化为氮气释放到大气中（反硝化作用），从而实现水体中氮元素的彻底去除，去除率可达40％-60％；对于水体中的有机污染物如COD、卓尼同城BOD，微生物通过分泌蛋白酶、卓尼本地脂肪酶、卓尼淀粉酶等多种酶类，将其分解为小分子有机物，再进一步分解为二氧化碳和水等无机物，完成有机污染物的矿化过程，COD去除率可达30％-50％。此外，微生物与植物之间存在共生关系，微生物分解污染物产生的无机物可为植物生长提供养分，植物通过光合作用产生的有机物又为微生物提供能量，两者相互促进，共同维持微生态系统的稳定。同时，这个微生态系统还能为小型水生动物如浮游动物、卓尼当地甲壳类等提供食物和栖息场所，进一步丰富生物多样性，提升生态系统的稳定性和自净能力，使卓尼浮岛的净化效果更加长效持久。
卓尼浮岛的水质净化功能是其在水生植物工程中应用广泛的核心原因，通过植物、卓尼附近微生物、卓尼当地基质等多重组分的协同作用，实现对水体中污染物的高效去除，其净化机制复杂且全面。植物的吸收与富集作用是首要环节，卓尼浮岛植物多选择根系发达、卓尼同城耐污性强的水生或湿生植物，如芦苇、卓尼同城香蒲、卓尼同城美人蕉等，这些植物的根系能深入水体中，通过主动吸收作用摄取水体中的氮、卓尼附近磷等营养物质，用于自身生长发育，将无机污染物转化为有机生物量。同时，部分植物还能吸收重金属离子，如凤眼莲对铅、卓尼附近镉等重金属具有较强的富集能力，通过定期收割植物地上部分，可将污染物从水体中转移出去，实现污染物的性去除。植物根系的泌氧作用也至关重要，根系在生长过程中会向周围水体释放氧气，在根系周围形成好氧微环境，为好氧微生物的生长繁殖提供条件，而根系内部及周围厌氧区域则适合厌氧微生物生存，形成好氧-厌氧复合微生态系统，为不同代谢类型的微生物提供栖息场所。
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